A livello applicativo la certificazione secondo la norma ISO 14001 e la registrazione EMAS hanno un percorso comune, anche se si differenziano su alcuni punti, per cui un'organizzazione che ha sviluppato o che intende sviluppare un SGA può valutare in termini strategici la convenienza di: ottenere unicamente la certificazione ambientale ISO 14001; raggiungere direttamente la registrazione EMAS; oppure ottenere la certificazione ambientale per poi arrivare anche alla registrazione EMAS essendo agevole il passaggio dalla prima alla seconda. 

L'impresa che ha sviluppato un SGA in conformità alla norma ISO 14001 e che desidera ottenere la relativa certificazione ambientale deve presentare apposita domanda di certificazione ad un'organismo accreditato. Attraverso tale domanda l'impresa fornisce informazioni generali su di essa e sui principali aspetti ambientali, compilando appositi documenti forniti dall'ente, e consegna il manuale ambientale che descrive il SGA e le procedure utilizzate.

Gli organismi di certificazione sono controllati dal SINCERT e sono generalmente gli stessi che operano nell'ambito dei sistemi qualità (Certiquality, DNV, Rina,, Certo, ecc.).

Successivamente alla domanda di certificazione segue la fase di istruttoria durante la quale l'organismo di certificazione esamina i documenti presentati dall'azienda e valuta se il suo SGA è adeguatamente definito e documentato secondo quanto previsto dalla norma ISO 14001.

Dopo l'istruttoria i valutatori del gruppo di verifica ispettiva dell'organismo di certificazione si recano presso l'impresa per effettuare la visita di valutazione. Durante tale visita gli ispettori verificano l'applicazione di quanto documentato e gli elementi del SGA con l'ausilio di check lists, effettuando interviste, esaminando le procedure ed i documenti del SGA, attraverso visite agli impianti e la verifica diretta dell'applicazione di quanto riportato nelle procedure. Alla fine viene emesso un apporto di valutazione, contenente le eventuali non conformità emerse durante la verifica e viene espresso un giudizio sulla situazione. Le imprese valutate hanno alcune settimane di tempo per rispondere ufficialmente alle non conformità indicando le misure che intendono adottare e i relativi tempi di attuazione.

Se l'istruttoria e la visita di valutazione hanno esito positivo, ossia viene accertato il soddisfacimento di tutte le condizioni per la concessione del certificato, il comitato di certificazione trasmette la proposta al consiglio per la delibera definitiva ed il rilascio della certificazione.

Il certificato ha validità per un triennio e durante questo periodo l'impresa è soggetta a delle visite annuali di sorveglianza al fine di verificare il corretto mantenimento del SGA.

Allo scadere del termine è possibile il rinnovo della certificazione se vengono mantenuti tutti i requisiti della norma ISO 14001 compreso il miglioramento delle prestazioni ambientali.

In accordo con "il regolamento di certificazione" dell'organismo coinvolto l'impresa ha la possibilità di riprodurre il documento di certificazione ed il marchio di certificazione su cancelleria, materiale pubblicitario, articoli promozionali, certificati, pubblicazioni, strutture aziendali, veicoli aziendali.

Circa i settori maggiormente interessati alla certificazione troviamo al primo posto quello chimico seguito dai settori meccanico, elettromeccanico e dei servizi.

Negli ultimi anni la certificazione ambientale secondo la norma ISO 14001 ha avuto una rapida diffusione, a giugno 1999 le organizzazioni certificate nel mondo erano oltre 10.000. Il Paese leader risulta essere il Giappone, seguito al secondo posto dalla Germania. Molto interessante è la grande attenzione per le norme ISO 14000 da parte di Pesi emergenti come Taiwan e Corea.

In Italia a giugno '99 erano 157 le organizzazioni certificate ISO 14001 da Organismi accreditati Sincert. Esistono anche certificazioni rilasciate da Organismi non accreditati, in questo caso il valore della certificazione è più limitato in quanto gli Organismi non accreditati offrono minori garanzie in termini di credibilità in quanto sono fuori regolamentazione.